In 2011 zijn de plannen van de Johannes Wier Stichting in een meerjarenplan 2012 – 2015 vastgelegd. Tevens stelt het bestuur elk jaar een werkplan op.
De activiteiten van de Johannes Wier Stichting bestaan onder meer uit de uitvoering van enige projecten op het terrein van de ethiek, mensenrechten en gezondheidszorg.
Ook draagt JWS bij aan zogenaamde schaduwrapportages, waarbij de stichting zich beperkt tot die onderwerpen die tot haar missie kunnen worden gerekend. Per rapportage worden relevante samenwerkingspartners gevraagd om eventuele inbreng bij een rapportage. De concluding observations van toezichthoudende comités van de Verenigde Naties over rapportages waaraan JWS een bijdrage heeft geleverd worden onder betrokken beroepsgroepen verspreid en eventueel van commentaar voorzien.
JWS bevordert de kennis en deskundigheid op het terrein van de mensenrechten en gezondheidszorg door het verstrekken van onafhankelijke voorlichting en informatie over mensenrechten en gezondheidszorg aan artsen, verpleegkundigen en andere (toekomstige) medische professionals. Daarnaast organiseert de stichting debatten en refereeravonden over actuele kwesties en dilemma’s, zoals met betrekking tot de zorg aan vreemdelingen, ouderen of het medisch beroepsgeheim.
Waar nodig verzamelt de stichting getuigenissen van medische professionals over misstanden in de zorg en kaart zij die aan bij beleidsmakers of de media.
De Johannes Wier Stichting brengt twee keer per jaar een Nieuwsbrief uit, waarvan één met een specifiek thema op het terrein van de mensenrechten en gezondheidszorg. Ook verspreid het vier keer per jaar onder geïnteresseerden een elektronische nieuwsbrief, met actueel nieuws en agenda.
De stichting ontwikkelt voorlichting en educatiemateriaal, onderzoeksverslagen en standpunten, te vinden op de publicatiepagina.